ＭＴ４に組み込まれたＥＡは、ＭＴ４で開いた通貨ペアのチャート毎に動いてくれます。
ですので、豪ドル円の３０分足チャートとドル円の３０分足チャートを一つのＭＴ４の中で開いて、それぞれにＥＡをドラッグ＆ドロップして稼動させることが可能です。

基本的には開くチャートの数は何十も開くことができるので、そのチャートの数だけＥＡを稼動させることが出来ますが、ひとつのＭＴ４（ひとつの口座）での最大発注数が２００までとなっているので、ひとつのＭＴ４で３通貨ペアぐらいまでが限度だと認識しておいて下さい。

もっといろいろな通貨ペアで取引したい場合は、順次、Pepperstoneのサイトにログインして「口座の追加（ＩＢ欄はassetincを指定）」をして頂き、複数の口座で運用する形になります。
なお、複数口座でＭＴ４を運用する場合、ＭＴ４も複数インストールする必要がありますが、インストール先フォルダを指定する際に、指定先をそれぞれ変えておかないとすでにインストールされているＭＴ４に上書きされてしまうので注意してください。

「スマホではPepperstoneの個別アプリを使ってますか？」、「複数口座をチェックしたいのですが、スマホ用のＭＴ４ってないですか？」というご質問がありますが、ＭＴ４はスマホ用アプリもリリースされています。

アンドロイド用のMT4がこちらです。→アンドロイド用ＭＴ４アプリ
複数会社の複数口座を全部チェックできます。
ただし、ＥＡの制御はできないので、相場のチャート確認の他、発注系は個別発注の取消しや決裁だけになります。

基本的には相場とチャート確認用ですね。
ＥＡ発注の発注線もチャート上で確認できます。